1.有机肥原料来源广，可以就地取材，就地积制，只花工夫，不需投入多少资金，可节省化肥，降低生产成本。

2.有机肥含有多种营养元素，除含氮、磷、钾等大量元素外，还含有许多作物所需的中量元素和微量元素，能给水稻提供全面的所需营养，特别是提供微量元素营养。同时能提高稻米的品质和适口性。

3.有机肥含有机质和腐殖质，能改良土壤结构，协调土壤的水、肥、气、热，增强土壤的通气透水能力和保肥、保水、供肥、供水能力。

4.有机肥含有生长素、维生素、胡敏酸和氨基酸等有机物质，对水稻营养生理和生物化学过程能起特殊作用，还能提供二氧化碳气体供水稻光合作用之用。

5.有机肥缓冲性大，可缓和土壤酸碱性变化，可清除或减轻盐碱类土壤对水稻的危害。

6.有机肥适用性广，对各类土壤及各种农作物都适用。

这个问题各有所长，化肥见效快，肥效长，缺点易发病。农家肥或生物肥，肥效慢、用量多、优点稳长势不发病，。总体还是农家肥优于优肥。

微生物菌剂一般作为肥料应用在水稻上主要是用来解残留药害，比如新水稻田，上上茬可能种植大豆等作物，会用普斯特类的农药残留，危害水稻生长，适当使用微生物菌剂可能收到奇效，另外也有其他类型的菌剂，比如硅素菌剂就可以为水稻提供更多的硅。