蕨类植物的区别种类比较复杂，具有形态许多基本特征不同的性状，在蕨类植物分类鉴定中，常依据下列一些主要特征：
茎、叶鉴别的植物外部形态类型及内部鉴别构造举例；
孢子区别囊壁典型细胞层数及举例孢子形状分类；
孢子囊常见的环带有无及其位置；
孢子囊群的形状蕨类、生长部位及有无植物囊群盖类型；
叶柄要有中维管束分类排列形式，叶柄基部有无形态蕨类关节；
根状茎上有无毛、鳞片等附属器官举例及形状，蕨类植物的种类。
对于蕨类植物的分类系统，由于植物学家意见不一致，过⌚去常把蕨类植物作为一个门，其下5个纲，即松叶蕨纲、石松纲、水韭纲、木贼纲、真蕨纲。前四纲都是小叶型蕨类植物，是一些较原始ช而古老的蕨类植物，现存在较少。真蕨纲是大型叶蕨类，是最进化的蕨类植物，蕨类植物有哪些典型特征，也是现代极其繁茂的蕨类植物，蕨类植物常见种类举例。我国的蕨类植物学家秦仁昌将蕨类植物分成5个亚门，即将上述5个纲均提升为亚门。
亚门检索表
1．植物体无真根☤，仅具方法假根，蕨类植物的分类及特征，2~3个孢子囊类型形成要有聚囊 松叶蕨亚门
1．植物体种类均特征具真根自的，不形成聚囊，孢子囊形态单生常见，或聚集孢子囊群，蕨类植物的类型，蕨类植物的常见类型。
2．植ด物体具明显的鉴别节和节间，蕨类植物的分类，叶退化成鳞片状，不能进行光合作用，孢子蕨类具弹丝楔叶亚门典型
2．植物体非如上自的状，蕨类植物的分类以及各自的特征，叶绿色，小型叶或大型叶，ล可进行光合作用，孢子均不具弹丝。
3．小型方法叶，蕨类植物的特征主要有哪些，幼叶无拳曲现象典型。
3．大型基本特征叶，蕨类植物有哪些基本特征，幼叶有拳曲现象，孢子囊在孢子叶种类的背面或边缘聚集典型成孢子囊群。真蕨亚门
4．茎多为二叉分枝，蕨类植物的分类方法，叶小形、鳞片状，孢子叶在枝顶端聚集成孢子叶穗类型，孢子同型或异型，精子具2条鞭毛 石松亚门
4．茎粗壮似块茎，叶长条形似韭菜叶，不形成孢子叶穗，孢子异型，精子具多鞭毛水韭亚门
