1、两者主要区别是：活性酶是一类生物催化剂，不具有生命特征。活性菌是具有活性的微生物，具有生命特征(如新陈代谢、繁殖、遗传变异等)。

2、两者主要联系是：活性菌能产生活性酶。如：人体肠道中有各种活性菌(大肠杆菌等)，它们会产生各种活性酶，帮助人体消化食物。

获得方式和作用不同。原神休眠君主要依靠攻击40级以上活化状态的蕈兽以及有失活菌体合成而获得。原神活性菌主要依靠攻击蕈兽掉落获得。休眠菌的主要作用是用于武器突破材料，活性菌是提拉里尼罗河纳斯坦20级和40级的突破材料。