用于预防和治疗厌氧菌引起的感染，如呼吸道，消化道，腹腔及盆腔感染，皮肤软组织，骨和骨关节等部位的感染以及脆弱拟杆菌引起的心内膜炎，败血症及脑膜炎等，此外还广泛应用于预防和治疗口腔厌氧菌感染。

甲硝唑注射液是静脉用的一种抗生素，作用是用来治疗细菌感染，主要针对的厌氧菌。最常见的盆腔感染、输卵管炎、腹膜炎、阑尾炎、肝脓肿、骨髓炎、关节腔感染、厌氧菌感染，或者其他感染灶穿刺液的细菌培养提示厌氧菌感染，对甲硝唑敏感，这些情况都可以用甲硝唑注射液。

甲硝唑的主要功效为抗厌氧菌感染，抗阿米巴原虫感染和抗阴道毛滴虫感染。临床作用主要用于治疗厌氧菌感染引起的牙周炎，毛囊炎，脓包疮，酒糟皮，阴道炎，尿路感染性疾病，呼吸系统感染性疾病。用于阿米巴原虫感染引起的阿米巴痢疾、用于毛滴虫感染引起的阴道炎的治疗。