六前鞭毛虫属具4对鞭毛，其中前鞭毛3对，后鞭毛1对，并形成轴杆。胞核1对，在体前端八字排列。虫体呈梨形，后端尖锐，无切口，胞口付缺。轴杆的结构较复杂，由1对副原纤维的空管，其中包裹着后鞭毛，通过虫体向后延伸。毛基体在胞核之前。