深圳产权交易中心由深圳市国土资源和房产管理局土地房产交易中心主办。2004年5月21日，深府办66号文件印发市政府批准的《深圳市知识产权局职能配置内设机构和人员编制规定》，根据该文件，设置深圳市知识产权局（挂深圳市版权局牌子），为市政府主管知识产权事务的副局级直属机构。