根据《中共玉溪市委、玉溪市人民政府关于玉溪市市县乡机构改革的实施意见》（玉发[2001]44号）文件，保留玉溪市审计局。玉溪市审计局是主管全市空城计工作的市人民政府工作部门，实行市人民政府和省审计厅双重领导体制。