舟山市国土资源局是在1988年1月建立的舟山市土地管理局基础之上于2001年10月组建而成。下辖定海分局、普陀分局、和新城分局三家下属单位，下设国土资源监察支队、土地储备中心、征地事务所、征地拆迁办公室、矿产资源管理所等34个事业单位。2018年12月机构改革不再保留舟山市国土资源局。