黄连上清丸和牛黄上清丸主要区别就是功效与作用不同。黄连上清丸的功效具有清热通便、散风止痛；主要治疗风热上攻、肺胃热盛导致的头晕目眩、牙齿疼痛、咽喉肿痛等症状。牛黄上清丸的功效具有清热泻火、散风止痛；主要治疗头痛眩晕、目赤耳鸣等症状。
这两者在功效上没有多大区别的，最大的区别就是形状不一样，剂型不一样，一个是丸剂一个是胶囊制剂。有的人要喝药丸容易咽下去，有的人喝胶囊容易咽下去，可以自己按照自己的情况吃药的，可以治疗上火症，口舌生疮等等。吃药期间不要吃辣东西。
黄连上清丸属于治疗上焦火大常使用的药物。患者咳嗽的情况一般多属于肺热的表现，可以使用黄连上清丸配合治疗。但是如果咳嗽咳痰的情况较为明显，多考虑存在呼吸道感染，需要同时配合抗生素和止咳化痰等对症药物进行治疗，一般效果会比较好。
