它们的主要区别是根、茎与花颜色不同。赤芍花为红色，根的颜色发深。白芍花为白色，其根也为白色。除外，赤芍的茎与叶柄为紫红色，白芍的茎与叶柄为绿色
两者区别为来源不同。白芍来源于萝摩科鹅绒藤属植物，多年生草质藤本。赤芍来源于毛莨科植物川赤芍或芍药的干燥根。
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